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6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)

項目介紹


  N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一,
在細菌、藻類及植物基因組中廣泛存在,在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節中發揮作用。
6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DNA片段,
然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數據量,快速、高效地尋找6mA甲基化區域。



技術優勢

全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區域

技術方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)



科學方案設計

從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析

每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計

及時高效的溝通;以保障高質量研究成果
圖片 1.png

樣本要求:基因組DNA: >= 5ug;樣品濃度>50 ng/ul;無RNA和蛋白污染

建庫測序:測序策略:Illumina HiSeq, PE150;測序深度:20-30M Reads

信息分析


基于全基因組范圍的6mA分析,數據質控、Peak鋒Calling,

Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布,

多樣本甲基化差異聚類、DMR鑒定及相關基因的功能分析,

結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。









用心服務每一個項目

已完成多種藻類及植物6mA測序及分析

專業的技術支持,嚴格的實驗把關,豐富的項目經驗,高效的溝通機制,用心服務好每一個項目。


圖片 2.png


6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)案例展示

衣藻6mA甲基化研究

N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas. Cell. 2015;7;161(4):879-892. (IF=31.398)

一、研究背景

N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型。6mA在細菌中廣泛存在,在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節中發揮作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能還不清楚。

二、方法流程

1、取材:單衣藻(Chlamydomonas)

2、測序:6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)

6mA-CLIP-Exo

         6mA-RE-Seq

3、驗證:UHPLC-MS/MS: 整體6mA水平

4、功能:

三、研究結果

1) 對衣原體基因組中的6mA進行了全面的分析,在84%的基因中鑒定出6mA修飾;

2) 6mA主要位于轉錄起始位點(TSS)附近的AT二核苷酸上,具有雙峰分布,并顯示出激活基因的標記;

3) 6mA分布存在周期性模式, TSS附近的核小體分布有關,表明在核小體位置上可能起到作用。

四、研究結論

6mA的全基因組圖譜及其在衣藻基因組中的獨特分布表明6mA在真核生物基因表達中的潛在調控作用

                                             

      


 圖1. 單衣藻基因組中的6mA                             2. 6mA在轉錄起始點附近的雙峰分布                                    3. 6mA的單核苷酸分辨率圖譜

 


         

 
                                             4. 6mA在鄰近核小體之間的DNA連接區分布                                       5. 6mA與轉錄基因的相關性





6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)結果展示

6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)常見問題

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