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液相雜交捕獲甲基化測序(LHC-BS)

項目介紹

液相雜交捕獲甲基化測序(Liquid Hybridization Capture-based Bisulfite Sequencing, LHC-BS)是將液相雜交捕獲技術和重亞硫酸鹽Bisulfite測序技術相結合,對目標序列進行單堿基分辨率的甲基化測序。目前較為商業化的SeqCap Epi CpGiant Enrichment,針對人的啟動子及CpG島區域的產品,覆蓋區域為84M,檢測3.7MCpG位點。靶向區域甲基化測序降低了測序通量, 一般測序量為10Gb, 同時檢測區域也是甲基化研究的主要目標序列,因此是目前研究基因組甲基化非常有用的方法。




技術優勢

DNA甲基化檢測非常有用的工具

靶向測序檢測區域更為靈活

單堿基分辨率,檢測每個C堿基的甲基化狀態

適合所有有參考基因組的物種





科學方案設計


從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析,

每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;
科學、縝密的設計;及時高效的溝通;以保障高質量研究成果。

LHC1.png

樣本要求:基因組DNA: >= 3 ug;樣品濃度>30 ng/ul;無RNA和蛋白污染

建庫測序:測序策略:Illumina HiSeq, PE150;測序數據:>=10GB

信息分析

基于啟動子、CpG島甲基化分析,數據質控、5mC Calling,

多樣本甲基化差異聚類,

差異甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析,

結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。









用心服務好每一個項目

最早探索及設計液相捕獲方向進行甲基化研究的團隊

已完成多個人啟動子液相雜交捕獲甲基化測序項目

助力客戶在BMC GenomicsTechnol Cancer Res TreatClinical EpigeneticsHuman ReproductionScientific reports等權威雜志發表多篇論文。

“專業的技術支持,嚴格的實驗把關,豐富的項目經驗,高效的溝通機制”,用心服務好每一個項目。






液相雜交捕獲甲基化測序(LHC-BS)案例展示

案例分析(團隊成員發表)

Global analysis of DNA methylation in hepatocellular carcinoma by a liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing approach. Clin Epigenetics. 2015; 21;7:86. (IF=4.327)

一、研究背景

表觀遺傳學改變, 特別是啟動子和增強子區域的異常DNA甲基化, 往往導致基因表達異常, 并與癌癥發生有關。在肝癌(HCC), 全基因組甲基化檢測直到最近才被使用。為了更好地理解肝癌的發生機制,我們應用更高分辨率的啟動子序列甲基化篩選HCC中甲基化異常的基因。

二、方法流程

1、取材:8HCC癌組織與癌旁組織

2、測序:啟動子液相捕獲甲基化測序(LHC-BS)

         轉錄組測序(RNA-Seq)

3、驗證:高通量BSP:差異甲基化基因

         RTq-PCR:差異表達基因

4、功能:

三、研究結果

1) 利用液相雜交捕獲亞硫酸氫鹽測序(LHC-BS)技術對8對肝癌及癌旁組織進行甲基化檢測,實現了1.86MCpG位點定量分析;

2) 通過差異甲基化區域(DMR)與差異表達基因(DEG)關聯分析,鑒定了12DMR相關基因;

3) 并進一步利用高通量BSP方法驗證另外78HCC對的分析證實,7個基因在HCC中顯示啟動子高甲基化(SMAD6IFITM1LRRC4CHST4TBX15)或低甲基化(CCL20NQO1)

四、研究結論

基于液相雜交捕獲啟動子結合亞硫酸氫鹽測序(LHC-BS)技術的甲基譜分析方案提供了一種成本有效的方法來鑒定人肝癌中可能有助于肝癌發生的候選基因;另外,我們的工作有利于理解肝癌發生和發展的潛在表觀遺傳過程。

                                             


                                                         圖1. 8HCC甲基化聚類分析                                                                                    2. 12個差異甲基化驗證及組成份分析

 

       


 圖3. 差異甲基化基因及表達水平檢測                                                                                              4. 甲基化抑制劑恢復基因表達水平

  


 



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