您的瀏覽器版本太低

請升級您的瀏覽器:Internet Explorer11 或以下瀏覽器: Firefox / Chrome / 360極速瀏覽器

氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-Seq)

項目介紹

DNA羥甲基化(5hmC)是新發現的一種的修飾堿基,被稱為第六堿基。技術上Bisulfite測序并不能區分甲基化(5mC)和羥甲基化(5hmC),實際上是5mC 5hmC 兩種修飾的混合信號,而通過氧化重亞硫酸鹽測序(oxidative bisulfite sequencing, oxBS-Seq),先將5hmC 氧化為甲酰基修飾(5fC),進而被重亞硫酸鹽轉換為堿基U,從而排除了5hmC 的干擾,實現DNA 甲基化的精準檢測。而同時對樣本進行BS-SeqoxBS-Seq測序則可實現對5hmC全基因組范圍檢測,oxBS-Seq是精準甲基化和羥甲基化檢測的金標準方法。



技術優勢

精準甲基化檢測的金標準,單堿基分辨率

WGBS聯合可以檢測羥甲基化水平

與RRBS聯合可以簡化基因組羥甲基化檢測

技術方法適合所有物種(一般推薦哺乳動物)



科學方案設計

從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析

每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計

及時高效的溝通;以保障高質量研究成果
oxBS.png

樣本要求:基因組DNA: >= 3ug;樣品濃度>50 ng/ul;無RNA和蛋白污染

建庫測序:測序策略:Illumina HiSeq, PE150;測序深度:>=30X, oxBS文庫; >=30X, BS文庫

信息分析


基于全基因組范圍的甲基化分析,數據質控,

單堿基5mC/5hmC Calling,

5mC/5hmC在基因組、染色體、功能元件上的分布,

多樣本5mC/5hmC差異聚類,

差異DMR/DhMR鑒定及相關基因的功能分析,

結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘






分析內容

OXBS.png








用心服務每一個項目

較早開發羥甲基化測序檢測技術方法的團隊之一
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文

專業的技術支持,嚴格的實驗把關,豐富的項目經驗,高效的溝通機制,用心服務好每一個項目。


圖片 2.png


氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-Seq)案例展示

案例分析

肺癌和肝癌的全基因組甲基化和羥甲基化研究

Whole-genome analysis of the methylome and hydroxymethylome in normal and malignant lung and liver. Genome Research. 2017; 26:1730–1741. (IF=10.101)

一、研究背景

DNA甲基化(5mC)是一種表觀遺傳修飾,在發育和疾病中調節基因表達和細胞可塑性。TET基因家族將5mC氧化為5-羥基甲基胞嘧啶(5hmC),提供了一種主動去甲基化機制,并具有自身的調控功能。本課題應用氧化亞硫酸氫鹽測序技術,繪制肝癌和肺癌全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化和羥甲基化圖譜。

二、方法流程

1、取材:癌及癌旁組織(4對肝癌+3對肺癌)

2、測序:氧化-重亞硫酸鹽測序(oxBS-Seq)

         全基因組甲基化測序 (BS-Seq)

         轉錄組測序(RNA-Seq)

3、驗證:

4、功能:

三、研究結果

1) 應用氧化亞硫酸鹽測序(oxBS-seq)技術得到了正常肝臟和肺以及成對的腫瘤組織中全基因組DNA甲基化和羥甲基化圖譜;

2) 研究發現, 在活躍的基因中5hmCCpG Island shore中呈顯著富集狀態,而在CpG Island中則呈稀缺狀態;

3) 啟動子、基因體和轉錄終止區域的羥甲基化分析顯示,5hmC與基因表達有很強的正相關,這表明5hmC是活躍基因的標記;

4) 甲基化和羥甲基化的比較分析表明,在組織特異性DMR和癌癥特異性的DMR中,5hmC顯著地富集,而且5hmC與甲基化的變化呈負相關,特別是在非CpG Island相關的DMR中。

四、  研究結論

在組織分化和腫瘤發生過程中,通過甲基化、羥甲基化和組蛋白修飾的相互作用,存在復雜的基因表達調控。

 

                                          

            

              圖1. 癌癥和正常組織的羥甲基化圖譜                         圖2. 5hmC基因分布與基因表達呈正相關圖            3. 5hmC在CGI周圍呈雙峰分布與H3K4me1有關

 



 



                                

4. 差異甲基化區域中5mC變化趨勢與5hmCH3K4me1修飾相反                                                      圖5. 位于基因啟動子附近CpG島shore的低甲基化C-DMR

 



關于我們
公司介紹
合作伙伴
加入我們
聯系我們
新聞中心
市場活動
企業新聞
科技服務
DNA甲基化測序
轉錄組測序
DNA-蛋白互作測序
DNA甲基化解決方案

聯系我們

Contact Us

深圳市艾斯基因科技有限公司

地址:深圳市龍崗區立信路43號永昌大廈206室

電話:0755-2850-7994 手機:18665353180

郵箱:support@sz-acegen.com

Copyright ? 2016-2020 sz-acegen.com 粵ICP備16072881號 技術支持:洛壹網絡

情色网站-欧美色色-亚洲色情网站-神马影院_神马电影网